O Centro Protocolar de Formação Profissional para o Setor da Justiça foi instituído ao abrigo da Portaria n.º 538/88, de 10 de Agosto, por protocolo celebrado entre o Ministério do Emprego e da Segurança Social (atualmente denominado Ministério do Trabalho,Solidariedade e Segurança Social) e, através do Instituto do Emprego e Formação Profissional (IEFP, I.P.) , como primeiro outorgante, e o Ministério da Justiça (MJ), através da Direção-Geral dos Serviços Prisionais (DGSP) e da Direção-Geral de Reinserção Social (DGRS, anteriormente designada Instituto de Reinserção Social), como segundo outorgante, e de outros já extintos, nomeadamente a Direção-Geral dos Serviços Tutelares de Menores (DGSTM) e o Gabinete de Planeamento e de Coordenação do Combate à Droga (GPCCD).

Porém, com a publicação do Decreto-Lei n.º 215/2012, de 28 de setembro, operou-se a fusão das duas direções-gerais, criando-se a Direção-Geral de Reinserção e Serviços Prisionais, pelo que o MJ é agora representado no CPJ unicamente por esta entidade.

Núcleo de Formação de Alcoentre

O CPJ dispõe de um Núcleo de Formação Profissional em Alcoentre, situado numa propriedade rústica localizada na proximidade dos Estabelecimentos Prisionais de Alcoentre e de Vale de Judeus.
Neste Núcleo encontra-se também domiciliado o Centro Qualifica do CPJ (CQ do CPJ).

Organograma